Η συμβατότητα του ΤΠΑ του ΥΠΑΙΘ με το ΕΠΑ προκύπτει εκ των πραγμάτων από την προσέγγιση στο σχεδιασμό του βάσει στόχων και προτεραιοτήτων. Σύμφωνα με τις προδιαγραφές κατάρτισης του ΤΠΑ οι άξονες προτεραιότητας ταυτίζονται με τις προτεραιότητες του ΕΠΑ, ενώ οι ειδικοί αναπτυξιακοί στόχοι του αφορούν στην εξειδίκευση των ειδικών στόχων του ΕΠΑ. Κατ’ αυτόν τον τρόπο συσχετίζονται οι άξονες προτεραιότητας, οι ειδικοί αναπτυξιακοί στόχοι και οι προτεινόμενες κατηγορίες παρεμβάσεων με τους αναπτυξιακούς και ειδικούς στόχους του ΕΠΑ.