Οι πέντε αναπτυξιακοί στόχοι που προβλέπονται στο ΕΠΑ είναι οι εξής: έξυπνη ανάπτυξη, πράσινη ανάπτυξη, κοινωνική ανάπτυξη, ανάπτυξη υποδομών και εξωστρέφεια.

Ο έκτος αναπτυξιακός στόχος είναι η υποστήριξη των προγραμμάτων με τις δύο προτεραιότητες: διοικητική υποστήριξη και τεχνική βοήθεια.

Το Τομεακό Πρόγραμμα Ανάπτυξης του ΥΠΑΙΘ φιλοδοξεί να κινητοποιήσει συνολικά την παιδεία, μέσω μόχλευσης των διατιθέμενων δημόσιων πόρων. Αξιοποιώντας τα δυνατά σημεία και τις ευκαιρίες, εστιάζοντας παράλληλα στις αδυναμίες και στις απειλές, οι ειδικοί αναπτυξιακοί στόχοι για τη προγραμματική περίοδο 2021-2025 του Τομέα του ΥΠΑΙΘ στο πλαίσιο του ΕΠΑ, και συμπληρωματικά των άλλων πηγών χρηματοδότησης, όπως το ΕΣΠΑ, είναι οι εξής: