Η προγραμματική περίοδος του ΤΠΑ του ΥΠΑΙΘ ταυτίζεται με τις προγραμματικές περιόδους του ΕΠΑ οι οποίες έχουν πενταετή διάρκεια. Η έναρξη της πρώτης προγραμματικής περιόδου 2021-2025 ξεκίνησε την 1η Ιουλίου 2021 με την σταδιακή ενεργοποίηση, έως την 31η Δεκεμβρίου 2021, των επιμέρους Τομεακών και Περιφερειακών Προγραμμάτων Ανάπτυξης που το απαρτίζουν.

Το ΤΠΑ  του ΥΠΑΙΘ εγκρίθηκε και ενεργοποιήθηκε την 26η Ιουλίου του 2021 κατόπιν έκδοσης της υπ’ αρίθμ. 73746/01-07-21 (ΦΕΚ Β΄ 3304) απόφασης του Υφυπουργού Ανάπτυξης και Επενδύσεων.