Οι φορείς υλοποίησης του ΕΠΑ 2021-2025 που έχουν οριστεί στο πλαίσιο του ΣΔΕ εφαρμόζουν συγκεκριμένες Διαδικασίες, ώστε να εξασφαλίζεται η χρηστή δημοσιονομική διαχείριση των πόρων του ΕΠΑ 2021-2025 και να υπάρχει προβλεψιμότητα και κοινή κατανόηση για τις ακολουθούμενες μεθόδους. Οι Διαδικασίες αυτές συνοδεύονται από τυποποιημένα έντυπα και οδηγούς. Το σύνολο αυτών των εγγράφων αποτελεί το «Εγχειρίδιο Διαδικασιών ΣΔΕ ΕΠΑ 2021-2025» το οποίο εκδίδεται και επικαιροποιείται, όταν απαιτείται, από την Υπηρεσία Συντονισμού του ΕΠΑ.